Sekilas alur dari Anime SEED Destiny
Pada akhir dari anime Gundam SEED Destiny Athrun Zala yang mempiloti sebuah mobile suit yang disebut ZGMF-X09A Justice Gundam, diberikan perintah untuk mengejar, menangkap dan menghancurkan ZGMF-X10A Freedom Gundam yang dicuri. Selain itu misi Athrun, ialah untuk menemukan Freedom Gundam yang dipiloti oleh Kira Yamato (teman Athrun dari masa kanak-kanak), Athrun mengubah perspektifnya ke netralitas dan memenfaatkannya untuk membantu mengakhiri perang antara pasukan ZAFT dan kekuatan Aliansi Bumi. Dalam usaha untuk menghancurkan meriam GENESIS, Athrun melakukan pengrusakan diri pada mobile suit Justice Gundam oleh karena itu Mobile Suit tersebut hancur untuk selamanya. Saat Athrun pergi ke perang/Destiny, peran kemudian beralih menyamping. Namun dia mengikutinya dan sesekali membantu juga merajuk tentang hal-hal ini dan itu.
Ketika turun untuk mempiloti Mobile Suit Zaku Warrior dalam lima episode pertama, ia kemudian menerima ZGMF-X23S Saviour Gundam namun menggunakannya hanya dalam beberapa pertempuran saja selama bersama pendatang baru Shinn Asuka dan Impulse Gundam ZGMF-X56S. Namun posisi baru Athrun's memaksanya bertentangan dengan teman-temannya dan Saviour Gundam bertemu dengan kehancurannya, di tangan Kira Yamato yang kesal pada Mobile Suit Freedom. Dengan Saviour Gundam rusak, Athrun kemudian ditawarkan Legend Gundam ZGMF-X666, namun Athrun ingin menebus dirinya dan melarikan diri dari ZAFT sekali lagi untuk mencari teman-temannya. Setelah hampir dibunuh oleh Shinn dan Mobile Suit barunya ZGMF-X42S Destiny Gundam, Athrun kembali ke Archangel untuk kemudian kembali menerima dan menggunakan ZGMF-X19A Infinite Justice Gundam yang sekarang.
